[FE금융경제신문=권이향 기자] 타 은행과의 형평성 논란으로 올해 말 종료되는 농협 등 전산용역에 대한 부가세 면제가 연장될 길이 열렸다. 세제 혜택 종료에 따른 농가 피해 최소화 및 농협의 공익적 역할이 우선시 돼야 하기 때문이다.

농협중앙회 등이 공급하는 전산용역에 대해 부가가치세를 면제하는 조세특례가 올해 말 종료될 예정이다. 이에 추경호 자유한국당 의원이 오는 2022년까지 부가세 면제를 3년 연장하는 내용을 담은 조세특례제한법 개정안을 12일 대표 발의했다.

현행 조세특례제한법 제121조의23에 따라 농협중앙회와 NH농협은행이 자회사 및 계열사에 제공하는 전산용역에 대한 부가가치세를 면제한다.

지난 2011년 정부는 농협중앙회의 사업부문별 책임경영 체제 확립 및 농축산물 유통 활성화 등 농협금융의 시장경쟁력을 강화하기 위해 농협법 개정을 통해 사업구조 개편을 단행했다.

이에 따라 금융지주회사와 경제지주회사로 각각 출범했으며, 이 과정에서 별도의 전산망 구축이 필요하게 됐다. 농협중앙회와 농협은행은 각 자회사와 계열사에 전산용역을 공급하기로 했다. 각 자회사·계열사가 모두 별도의 전산망을 갖출 경우, 많은 비용을 감수해야 하기 때문이다.

그러나 원칙상 자회사와 계열사는 별도의 법인인 탓에, 농협은 공급받는 전산용역에 대한 부가세 부담을 떠안게 됐다.

이러한 조세 부담을 줄이기 위해 정부는 지난 2012년부터 농협중앙회 등이 공급하는 전산용역에 대해 부가가치세를 면제해줬다. 이후 2013년과 2017년에는 세법 개정을 통해 일몰이 두 차례 연장됐다.

농협중앙회 사업 구조 개편 정착을 돕는 한편, 농가·농민을 안정적으로 지원한다는 취지에서다.

문제는 타 은행권과의 형평성에 어긋난다는 지적이 제기되면서 시작됐다.

현재 금융, 보험용역은 부가가치세가 면세 대상이지만, 금융지주회사가 전산용역을 받는 경우에는 과세 대상이다. 이에 정부는 농협중앙회·농협은행 등이 자회사와 계열사에 제공하는 전산용역에 대한 부가세 면제를 더 이상 연장하지 않겠다는 입장이다.

올해 1월부터 3월까지 농협금융지주가 전산용역비로 사용한 금액은 총 186억4300만원으로, 농협이 이에 대한 부가세를 부담하게 된다면 농업인신용보증지원․취약농가 생활안정지원 사업과 같은 농협의 고유목적사업 추진에 차질이 발생할 수 있으며 농업분야 투자가 위축될 가능성이 커진다.

더욱이나 농협은행은 당기순이익(1조1327억원) 대비 1478억원을 사회공헌비로 지출해 순익 대비 지출 비중이 13%나 됐다. 이는 6대 시중은행 가운데 가장 높은 수치다. 이 때문에 농업인과 조합원의 경제적 이익을 향상시킬 공익적 목적으로 설립된 농협을 일반 금융기관과 동일한 잣대로 비교해서는 안 된다는 지적이 잇달았다.

추 의원은 “세제 혜택 종료에 따른 피해가 농가·농민에게 돌아갈 수 있기 때문에 반드시 연장이 필요하다”며 “조세특례제한법 개정안이 처리되면 농가·농민을 위한 농협의 보다 적극적인 지원과 공익적 역할이 가능해져 농촌 경제 활성화에도 이바지할 수 있을 것”이라고 밝혔다.